長期不懈的思考使他的思想日趨穩定，社會的巨變以及個人滄桑的經曆，使他的思想更加深刻成熟。他為了研究明朝滅亡的原因和改革君主專製的弊端而發憤治學。
從王朝興衰的曆史中，黃宗羲看到，每一個王朝的傾斜，都是由於君主貪婪、殘暴；每一個王朝的興起，都始於血腥風雨的爭鬥。他認為封建的君主專製製度是造成社會危機的總根源。因為“君主把天下的利益盡歸已有，把天下的禍害全部推給別人”，君主為了得到或維護自己的統治地位，即使使天下百姓家破人亡、妻離子散，也在所不惜。他反對以君為主，以天下為客，讚美以天下為主，以君主為客的堯舜之世。他從民眾的利益出發，去評價治亂，他說：“天下或治或亂，不在於一姓的興亡，而在於萬民的憂樂。”他主張改一家一姓之法為天下之法。他說，天子認為對的未必對，天子認為錯的未必錯，並主張提高宰相權力，由士人來公論是非，限製君主的權力，使君主不敢自以為是。這是一種限製與監督君權的思想。這種民主思想為中國近代的資產階級改良派和革命派提供了曆史借鑒。
黃宗羲一反傳統的“重農抑商”思想，提出“工商皆本”。他認為把工商當成末業，妄加評論，並竭力壓抑，是十分荒唐可笑的。工商兩業皆有益於社會民生，都是本業。這種思想反映了當時商品經濟和資本主義萌芽發展的要求。
黃宗羲注重實踐，不尚空談。治學態度嚴謹刻苦，嚴核考證，實事求是。他認為明朝的滅亡和明人的學風有一定的關係，明人專事口耳記誦之學，學無根底，喜歡空談。他指出，學問是用來經世的，不是炫耀的，他和弟子們形成了一個以經世思想為指導以研究史學為特點的浙東學派。他的《明儒學案》總結了明代近三百年的思想發展，包括了明代各派哲學家的學術思想和主張，是中國第一部比較係統的學術思想史專著。
簡評：
少年坎坷勤學，中年遊曆四方，老年隻爭朝夕專心著述。黃宗羲一生求索，終成大思想家。他的那種目光永遠向前、不倦追求真知的精神激勵著後來人奮鬥不息。
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