黃明遠顧不上審問，便將這些匪徒全部交給陸貞，令其徹查。
此時運河之中的備身府兵也上了岸。楊廣登基之後，重整備身府，縮減為左右二府，分別是由段達、趙才二人指揮，又令親信獨孤盛、司馬德戡、宇文成都、裴虔通等人征召數千關中精銳，建立驍果軍中軍，以為親兵。
此時左右備身府登岸之後，黃明遠下令左右領軍府主力分別從東西兩個方向包夾亂軍，穩定局勢。又令段達、趙才二人指揮的左右備身府軍為中軍，直奔叛軍最集中的方向。
黃明遠要求眾人，第一要務不知殲敵，而是要將叛軍和未生亂的役夫全部隔開，防止未生亂的役夫被叛軍裹挾。
同時黃明遠又命各軍將外圍未生亂的役夫帶到西麵二十裏的空地安置，然後再對叛軍進行清剿。
叛軍到底有多少人不好，但整個運河北岸數十萬人，人聲鼎沸，火光衝，隻看氣勢，猶如地崩裂一般混亂嘈雜。這些叛軍似乎也不敢進攻軍營，反而不斷在工程營中裹挾、製造聲勢。
這是一場臨時準備的叛亂，哪怕有計劃有目標，仍然無法改變這群叛軍內部組織的混亂。數萬饒叛軍，相互之間根本不認識，更別有效的指揮。因此混亂在一開始之後，眾人過了最初的同仇敵愾，隻剩下內部的狂歡。
而造反者似乎也不在意他們目標的偏離，既然是造反，那就是造反。
整個工程營帶給饒感覺是混亂的，是哀嚎和淒慘的。那些手拿各式各樣武器的役夫，在殺了壓迫他的監工和吏之後，一下子便從被統治者成為了統治者，因此他們盡情地狂歡，盡情地掠奪和殺戮，享受這種權利帶給他們的美好。
等到朝廷的軍隊從各個方向殺入叛軍之中後，他們毫無阻擋，便將麵前的叛軍全部摧毀。
大隋的禁軍，雖然早就蛻化、腐爛，但此時至少還可以欺淩一下叛軍。
麥鐵杖是個勇將，而段達也是個狠辣之人，因此隋軍與叛軍交戰之後，眾人不斷往裏麵突，企圖將這些叛軍給驅散，形成倒卷的局勢。
果然不出二人所料。這些叛軍毫無抵抗力，被騎兵驅趕著四散潰逃，整個工程營更加混亂。哪裏都是叛軍，哪裏都是隋軍，根本逃不得命。
“投降不殺！”
“投降不殺！”
恐懼的叛軍士兵麵對屠刀才知道他們做了什麽，一個個驚慌失措的抱頭跪在地上，請求活命。而段達等人狠辣無比，哪管叛軍之人投降不投降，擋在他前進路上的，一律殺死。
大隊的騎兵將這些叛軍一個個完全分割、摧毀，摧枯拉朽一般平定了這場叛亂。
黃明遠又擔心平叛大軍會大肆屠殺，因此令眾人將俘虜全部看管起來，不得隨意屠戮。這麽多的叛軍，大多都是脅從，沒幾個是真心的，官軍的屠刀總不能老是對內。
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