當時的盤古文明聯盟，對“伏羲係統”的擔憂來自兩點。
其一是伏羲係統可以輔助一支超級艦隊跳躍到黑牆之外，甚至直接向黑牆外發射某種信號，以至於泄漏盤古宇宙的“天機”，極有可能引來“洪潮”的侵襲。
雖然“伏羲係統”的最高控製權限肯定掌握在盤古文明聯盟的高層，那些深謀遠慮，睿智和理性的大人物手裏，但誰也不敢保證，會不會有一個喪心病狂又絕頂聰明的瘋子，能劫持整個係統，幹出毀滅盤古宇宙的事情——從古往今來無數文明的經驗來看，這樣的瘋子總是有的。
其二，幾乎存儲了盤古宇宙所有信息的“伏羲係統”本身，似乎也越來越成為令人捉摸不透的神秘存在，諸多跡象都表明，一些微妙而危險的漣漪，正在它龐大的數據庫深處醞釀。
正如現在的人類也非常擔心“人工智能崛起”，“智械叛亂”，“靈網毀滅人類”之類的問題，當時的盤古文明，也同樣走到了命運的十字路口，麵對同樣的問題。
兩大擔憂最終匯聚成了一個決定，那就是盤古文明聯盟真的“揮刀自宮”，硬生生銷毀了自己最強大的星海遠航艦隊，並且閹割了最先進的晶腦和靈網技術，或是封印，或是毀掉了“伏羲係統”90%的信息和功能。
當然，完全毀滅“伏羲係統”，是絕不可能的。
正如莫玄教授曾經說過——人類文明發展至今，已經不可能擺脫晶腦和靈網，那就絕不可能遏製全新生命形態的誕生。
新生命的誕生，隻是時間早晚問題。
同樣，盤古文明聯盟能團結十三支截然不同的碳基生命種族，擴散到整個盤古宇宙，占據了黑牆之內幾乎每一顆星球，依靠的就是無比發達的靈網和晶腦係統。
倘若徹底失去靈網和晶腦，整個聯盟瞬間就會分崩離析，每一顆星球都將變成浩渺星海中的孤島，在黑暗侵襲中瑟瑟發抖，最終無聲無息地滅亡。
失去靈網的傳遞，在冰冷的真空中，沒人能聽到他們的最後一聲哀嚎。
是以，盤古文明聯盟依舊保留了伏羲係統10%的信息和功能，勉強算是一個“閹割版的伏羲”。
之後，盤古文明聯盟對十三支成員種族的“人性”也進行自我閹割，包括委托女媧文明創造人類等等，和“閹割版伏羲係統”也脫不了關係——沒有極限性能的超高速計算係統輔助，如“大腦封鎖”，“神魂烙印”，“基因融合”，“變異分裂”，“人工繁殖”等等作業，是根本沒辦法完成的。
至於“閹割版伏羲係統”在洪荒戰爭中又扮演了什麽樣的角色，資料缺失太多，卻是不得而知了。
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