一道炫目的白光劃過天際，太平洋上波濤洶湧，海浪以不可思議的速度將一架貨機卷入海底，一艘在美國海岸外顛簸航行的輪船瞬間就被驚駭大浪掀起；與此同時在巴哈馬叢林中，巨大的腳印橫掃出一條詭異的通路，腳印所及之處，皆成一片狼藉，而這股強大神秘又極具毀滅性的力量，正朝著一座人口密集的城市——紐約而來。腳印的主人是一隻叫“哥斯拉”的怪獸，至於它的產生還要追溯到法國人的核試驗。
在太平洋的一個隱秘的小島上，法國多次進行著核子彈的試爆試驗，終於意外發生了。由於長期受到核輻射，再加上氣候異常，小島上的許多爬蟲類動物都發生了基因突變，一隻產於南美的大蜥蜴受到了強烈的核輻射後，變成了“哥斯拉”。
這隻高達90英尺的龐大怪物經過蛻變後，旋風似的從海岸線闖入美國，並直逼繁華的紐約曼哈頓區。巨獸的到來使得整個城市陷入了一片危機恐慌之中，當地居民麵臨著一場巨大的災難。
軍方為了平息混亂和恐慌，想盡辦法要消滅這個龐然大物。而科學家們卻興奮地想研究它的突變過程以及生態結構；媒體的記者為了搶占頭條，更是不惜以生命做賭注，追蹤著怪物的行跡；與此同時，聞訊從法國趕來的秘密特務則為了挽回國家顏麵，鍥而不舍地追捕著“哥斯拉”。
總之，各路人馬都是各懷目的，而正在尋找一處適當的巢穴，準備大量繁衍後代的“哥斯拉”造成的破壞正在不斷擴大，如果再不加以製止，它所到之處將全部化為廢墟，形勢愈加嚴峻，一分一秒都不容遲疑。於是，科學家、新聞記者、電視台攝影師、保險公司的核查員，甚至軍隊都不約而同地走到了一起，並且攜手同心為保衛自己的家園與巨獸作最後的一搏……
“這裏是指揮中心，目前還沒有什麽進展，軍方對我們進行了新聞封鎖，所以都不準報道……
混亂中，雨夜，一個記者正在報道：“他們沒有說如會對付那怪物……”
同時，另一邊，一個軍官拿著通訊器對長官吼道：“情況得以控製，別擔心，我們有辦法製服那東西！！！”
於此同時，女主角安琪.堤蒙遇見了男主角尼克.塔多鮑羅斯博士，並且尾隨尼克。
兩人隨即碰麵，安琪本來是尼克的女友，幾年前尼克向她求婚時被拒絕，但是都沒有徹底忘記對方，兩人舊情複燃，安琪被尼克邀請帶到自己的帳篷內。
尼克並沒有意識的對安琪刻意保密，接著又通過檢測哥斯拉的血液，他得知，哥斯拉已經懷孕！
安琪為了上頭條當上記者，偷去了尼克的一份絕密資料的磁帶，之後卻被又同行的記者盜取報道。
尼克也因此泄露機密，被開除對付哥斯拉的軍方小組，丟掉了哥斯拉研究小組顧問的職務……
達列斯站在雨夜混亂的人群中，努力回憶著這部《哥斯拉98》的劇情，目前的劇情、應該就是進展到這個地方為止。
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