從此衛拉特部勢力瓦解，也先餘部迅速退出東蒙古地區，也失去了對喀喇沁部的統治權。
此時，北元太師孛來擔任喀喇沁部新的領主，並率領喀喇沁部、阿速特部於1456年進人黃河河套地區。
期間翁牛特部首領毛裏孩率部進入河套，毛裏孩是成吉思汗同父異母弟別裏古台後裔。
1470年，元室後裔孛羅忽巴延蒙克濟農率鄂爾多斯部大批人馬進入河套地區，他們與喀喇沁部成為河套地區的新主宰。與此同時，衛拉特部的癿加思蘭也進入河套。
1480年，滿都海哈屯輔佐年方7歲的巴圖孟克即蒙古大汗位，號達延汗。
為了消除衛拉特部對汗廷的威脅，滿都海哈屯攜帶年幼的達延汗並親自率領大軍征戰衛拉特部，經過近30年的奮戰，達延汗在滿都海哈屯的輔佐下，終於在1510年再度控製了蒙古諸部，並將蒙古劃分為左右翼六萬戶。
其中鄂爾多斯、土默特、永謝布為右翼三萬戶。
察哈爾、喀爾喀、兀良哈為左翼三萬戶。
為了加強對蒙古右翼的控製，在1510年，達延汗派遣自己的次子烏魯斯博羅特前往右翼蒙古擔任濟農，並在鄂爾多斯八白宮前即了濟農之位。
但是右翼永謝布領主亦不刺、鄂爾多斯部領主滿都賚等為首的大封建主看到達延汗的統一事業，妨礙了他們手中的權力，右翼三萬戶起事叛亂。
1510年，達延汗親自率兵討伐右翼，經過“土爾根河戰役”和“達蘭特哩袞戰役”，平定了以右翼永謝布領主亦卜剌為首的叛亂。
平定了右翼的叛亂以後，達延汗將右翼三萬戶分封給了自己的子孫。
他把右翼三萬戶統帥權交給三子巴爾斯博羅特掌管並封為濟農，也就是副汗，令其坐鎮鄂爾多斯萬戶。
後來，巴爾斯博羅特再次為其諸子分封領地時，其第四子巴雅思哈勒分得了右翼永謝布萬戶，掌管了喀喇沁、阿速特等鄂托克。
從此，巴雅思哈勒成了喀喇沁部的領主，喀喇沁部也成為黃金家族世襲領地和屬民。
他的兩個哥哥之一袞必裏克濟農分得了鄂爾多斯萬戶，阿勒坦汗分得了土默特萬戶。
據《九邊考》記載，這時的喀喇沁部活動地域已經從鄂爾多斯地區遷出，駐牧於宣府張家口、獨石口邊外。
這一帶已經深入到了兀良哈三衛的駐牧地域。
巴雅思哈勒成為喀喇沁部的領主並深入到兀良哈三衛駐牧地以後，兀良哈三衛開始和喀喇沁部發生了十分密切的關係。
在16世紀40年代初期，兀良哈三衛中的朵顏衛在其領主恩克兄弟9人的率領下，舉部攜帶成吉思汗母親訶額倫祭祀宮帳歸附了成吉思汗黃金家族。
阿勒坦汗將恩克兄弟5人所部賜予其弟巴雅思哈勒昆都侖汗，成為喀喇沁部兀良哈人的來源，將恩克弟弟4人所部收為己有成為阿勒巴圖，屬民，由阿勒坦汗長子辛愛黃台吉統領，他們進而成為後來的東土默特部的兀良哈人。
以恩克為首的一部分朵顏兀良哈人歸附喀喇沁部後，奉喀喇沁部首領巴雅思哈勒及其後裔為自己的領主。
17世紀初葉，林丹汗即蒙古大汗位。
當時大明王朝的北部處於十分複雜的政治格局。
在東北，建州女真已經逐步崛起，使女真族從蒙古的附庸逐步變成蒙古的強大政治、軍事對手並建立了後金國。
蒙古各部卻處於各自為政的封建割據狀態，大汗權勢衰微差不多快淪落到察哈爾一家的汗王。
明朝控製著遼東地區，在這一地區仍然具有較大的政治影響力。
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