有了黃琬、趙戩與王淩的例子，足以表示皇帝不願將王氏黨羽連根拔起，於是朝中人心漸漸平複下來。
以皇帝潔身自好的性格，自然不會親自下黑手翦除於國有功的重臣，他在事先下發口諭令太尉馬日磾與前將軍趙謙負責此事後，便一清早就擺駕出城前往上林苑，提前開始了準備在月底才進行的演武。
這次演武由羽林、虎賁、北軍五營、還有宮中兵衛參加，一共有一萬七千餘人，步騎兼備，弓弩強勁，單論氣勢，就足以稱得上是一支精兵。
在拿出從郿塢繳獲的財物犒賞三軍將士，各有提拔之後，眾軍士氣高漲，將校擁戴，迅速將李傕等十萬大軍壓境所帶來的不利影響給消除到最小，並且穩定了軍心。
等到身在上林苑的皇帝處理完了軍中的一切，得到馬日磾命尚書台下詔對付王允的消息後。他立即連夜趕回長安，做出一副毫不知情的驚愕模樣，但這時候王允黨羽早已盡數入獄，詔旨已發，不可追回，隻得默認事實。
一場自董卓死後便引發的朝堂爭鬥，終於在這兩天塵埃落定，勝負立分。
王允倒台，朝廷在皇帝的主持下開始論功行賞，以前將軍趙謙為司徒、與太尉馬日磾並錄尚書事；以光祿大夫楊彪任光祿勳，頂替了南陽人鄧淵，為皇帝掌握郎衛；其後又遷廷尉正法衍為廷尉，專司王允案。
不久朝廷又調整官吏，將光祿勳屬下羽林、虎賁兩支郎衛分割獨立出來，成為與北軍五營一樣的編製軍隊，各自擴充兵額，共六千人。同時也分離出了謁者台，將謁者台正式從名義上獲得與禦史台、尚書台等同的地位。
這樣做一來擴充了軍隊，方便將羽林、虎賁直接歸皇帝掌握，另外也能提高謁者仆射楊眾的地位，算是變相的酬功於楊氏。
最後詔拜征西將軍皇甫嵩為車騎將軍，並以其為主，北軍中候王斌、羽林中郎將徐榮等人為副，統率長安各軍負責守衛城池。趙謙為表支持，主動將手下四千益州叟兵交了上去，這支叟兵是由叟人組成的軍隊，以勇敢善戰著名，曾借此鎮壓白波黃巾。
這樣再加上皇甫嵩手下兩千餘人，建義中郎將段煨手下萬餘人，以及護羌校尉楊儒招募的三千新兵、荀攸與皇甫酈前往左馮翊以財物說來助戰的數千羌胡義從，長安可勉強拉起一支將近四、五萬人的隊伍。
此事過後，還引起一陣餘波，長安市民在甫一開始聽到王允被捕入獄後，在有心人的挑唆下輿情紛擾，險些鬧出事端。
皇帝為了安定城內百姓，命京兆尹司馬防內鬆外緊，逐一排查，在處決了幾個尋釁滋事的惡徒、以及秘書丞王淩改任長安令現身說法以後，長安才逐漸開始安定。
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