正是因為如此，自然就會造成新明同地方土族的衝突。雖新明自落腳以來，為了控製這些地區，新明所采取的政策還是比較溫和的，至少不像西方國家那樣對當地的印地安部落進行大規模驅趕、屠殺和清洗，而是用懷柔和刀劍並用的方式，同時大明人和當地土族無論從膚色還是有容貌近似的優勢。
但就算這樣，當為了生存空間進行擴張的同時，新明那邊和地方部落展開了衝突，這種衝突一開始並不大，可隨著來到新明的移民不斷增多，大明擴張速度加快，這些衝突也越發激烈起來。
僅僅三個月，新明和地方部落的衝突大加起來就近百次，導致了明軍和新移民傷亡持續上升。為了確保擴張和移民的安全，潘夢園決定在圍繞幾個移民的重點區域建立新城，這就是鎮遠城、定遠城和平夷城的由來。
除了這三城的建立，潘夢園派出軍隊對控製區域及外圍的印地安勢力進行清剿，一連驅逐和剿滅了大二十多個部落，死在明軍手中的印地安人已超過萬數，至於那些被迫背井離鄉，懷著怨恨和怒火離開這片土地的印地安人數量更多。
對於這點，朱怡成也隻能無聲地感慨。曆史的推動無論是初衷如何，都會帶來殘酷的經過。就算是相比西方國家血腥手段要溫和許多的大明同樣也是如此，征服者獲得的鮮花和掌聲往往是建立在被征服者的血淚和屍體之上的。
但為了新明的發展，朱怡成又不得不這麽做，這可以是曆史的選擇，也是曆史給出的答案。
不過相比之下，大明並沒有趕盡殺絕，在帶來戰爭和死亡的同時，大明還是不斷吸收願意成為大明子民的印地安人歸化。除了最初幾個投靠大明和被征服的印地安部落外，在擴張的同時同樣也有好幾個印地安部落為之屈服。
對於這些印地安部落，大明采取了曆來的政策，也就是針對新明馴服土族的策略。從文字到語言，從衣冠到習慣，灌輸著漢文化，使其融入其中。除此之外，對於那些表麵上屈服，但骨子裏卻依舊企圖反抗的印地安人，大明也毫不留情會舉起屠刀，甚至還建立了殘酷的連坐製度。
自然，這些印地安人隻要真心誠意地歸順大明，大明也不會虧待他們。除了文化的灌輸外，大明還會教授給他們許多謀生的技能和先進的各項知識，並給予部分土地。在戶籍方麵雖然歸化者戶籍和正式大明子民稍有區別，但隻要二代歸化者得到新明政府的認可，歸化者戶籍就能轉為正式大明戶籍，而到那時候就可以成為真正的大明人。更不用直接通過通婚後取得大明戶籍的印地安女子了，這樣一來也使得那些被大明政府的印度安部落中嫁女者屢屢不絕。
同時考慮到人口因素和所麵臨的其他問題，新明還發布了印地安青壯加入明軍服役，隻要服役滿十年並能流利漢語，或為大明戰死者就能獲得自己或家人的正式大明戶籍的命令，這也在一定情況下緩解了新明在麵臨移民數量不斷增長的情況下兵力不足的困惑。
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