對於葡萄牙來，由於其被西班牙吞並前，在海外擁有大量的殖民地，而且其科技水平、人民尚武精神以及戰鬥力都不是加泰羅尼亞可比。所以除了給予如同加泰羅尼亞高度自治地位外，馬德裏在經濟上對葡萄牙寬鬆了許多，其收繳的賦稅很輕。但在軍事上，則要求實行義務兵役製，而且在科技上更是嚴禁技術和人才外流。
之後菲利普又先後接見了如摩爾人、加利西亞人、瓦倫西亞人、安達盧西亞人、吉普賽人、美洲大陸西班牙人與印第安人混血族裔的代表。他一改過去曆任西班牙國王的高傲，俯下身去一一傾聽各個民族的訴求，並酌情予以一定滿足。
無論如何，雖後世的埃塔搞恐怖活動，以及加泰羅尼亞鬧獨立的新聞經常讓全世界看西班牙的笑話。但到底這個國家的主體民族——卡斯蒂利亞人占全國總人口的七成以上，而且身為曆史學教授的穿越者本身知道這國內諸多少數民族追求的是什麽，以及穿越者完全沒有這個時代西班牙王室一些偏執狂的堅持，再加上樞的加持。經過登基以來大半年的努力，國內的分離傾向基本上是安撫住了。
在宗教方麵，穿越者借著加冕儀式拿到了國內教義的最高解釋權。不過到底西班牙是主教最堅實的堡壘的，所以菲利普非常聰明的采取了事情要做，但絕不聲張的策略——各種宗教裁判所慢慢的取消，捕獵女巫的行動也逐漸終止，針對新教徒的迫害也明顯減輕。但是，國王陛下以及報紙上，決口不提宗教和解、信仰自由的事情。
在
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