隨著局勢的日益嚴峻，崇禎帝的濫殺也日趨嚴重，[29]總督中被誅者七人，[30]巡撫被戮者十一人。[31]朱由檢亦知不能兩麵作戰，私底下同意議和。但明朝士大夫鑒於南宋的教訓，皆以為與滿人和談為恥。因此崇禎帝對於和議之事，始終左右為難，他暗中同意楊嗣昌的議和主張，但一旁的盧象升立即告訴崇禎帝說：“陛下命臣督師，臣隻知戰鬥而已！”，朱由檢隻能辯稱根本就沒有議和之事，盧象升最後戰死沙場。明朝末年就在和戰兩難之間，走入滅亡之途。[32]
崇禎十五年（1642年），鬆山、錦州失守，洪承疇降清，崇禎帝又想和清朝議和，兵部尚書陳新甲因泄漏議和之事被處死，與清兵最後議和的機會也破滅了。崇禎十七年（1644年）明王朝麵臨滅頂之災，崇禎帝召見閣臣時悲歎道：“吾非亡國之君，汝皆亡國之臣。吾待士亦不薄，今日至此，群臣何無一人相從？”在陳演、光時亨等反對之下未能下決心遷都南京。[33-34]
此時，農民軍起義已經十多年了，從北京向南，南京向北，縱橫數千裏之間，白骨滿地，人煙斷絕，行人稀少。崇禎帝召保定巡撫徐標入京覲見，徐標說：“臣從江淮而來，數千裏地內蕩然一空，即使有城池的地方，也僅存四周圍牆，一眼望去都是雜草叢生，聽不見雞鳴狗叫。看不見一個耕田種地之人，像這樣陛下將怎麽治理天下呢？”[35]崇禎帝聽後，潸然淚下，歎息不止。於是，為了祭祀難民和陣亡將士和被殺的各位親王，崇禎帝便在宮中大作佛事來祈求天下太平，並下詔罪己詔，催促督師孫傳庭趕快圍剿農民軍。[36]
煤山殉國
參見：甲申之變、清兵入關
崇禎帝自縊之處
崇禎帝自縊之處
崇禎十六年（1643年）正月，李自成部克襄陽、荊州、德安、承天等府，張獻忠部陷蘄州，明將左良玉逃至安徽池州。崇禎十七年（1644年），三月一日，大同失陷，北京危急。初四日，崇禎帝封吳三桂為平西伯，飛檄入衛京師，起用吳襄提督京營。六日，李自成陷宣府，太監杜勳投降，十五日，大學士李建泰投降，李自成部開始包圍北京，明王朝麵臨滅頂之災。明軍在與農民起義軍和清軍的兩線戰鬥中，屢戰屢敗，已完全喪失戰鬥力。
三月十七日，農民起義軍圍攻京城。十八日晚，崇禎帝與貼身太監王承恩登上煤山（也稱萬壽山，今北京景山），遠望著城外和彰義門一帶的連天烽火，隻是哀聲長歎，徘徊無語。李自成軍攻入北京。太監王廉急告皇帝，崇禎帝在宮中飲酒長歎：“苦我民爾！”太監張殷勸皇帝投降，被一劍刺死。
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