崇禎十六年（1643年）夏秋間發生的腺鼠疫至崇禎十七年（1644年）春天轉化為肺鼠疫。北京城中的人口死亡率大約為40%甚至更多，十室九空。[20]北京郊區的疫情也很嚴重。在通州，“崇禎十六年癸未七月大疫，名曰疙疽病，比屋傳染，有闔家喪亡竟無收斂者”。昌平州的記載中稱為“疙疽病”，而且“見則死，至有滅門者”。河間府景縣“崇禎十六年大疫，病者吐血如西瓜水立死。”
崇禎十六年（1643年）八月，天津爆發肺鼠疫：“上天降災，瘟疫流行，自八月至今（九月十五日），傳染至盛。有一二日亡者，有朝染夕亡者，日每不下數百人，甚有全家全亡不留一人者，排門逐戶，無一保全。”[21]
崇禎十七年（1644年），天津督理軍務駱養性說，“昨年京師瘟疫大作，死亡枕藉，十室九空，甚至戶丁盡絕，無人收斂者。”[22]
崇禎十七年（1644年）秋天，鼠疫南傳至潞安府，“病者先於腋下股間生核，或吐淡血即死，不受藥餌。雖親友不敢問吊，有闔門死絕無人收葬者”。[23]
山西鼠疫也向周邊省份傳播。崇禎七、八年間興縣人民因避疫而逃之一空，有可能將鼠疫傳播到相鄰的地區。從興縣過黃河，就是陝西的延安府和榆林府，崇禎九年至十六年，榆林府和延安府屬縣相繼發生大疫，如崇禎十年“大瘟，……米脂城中死者枕藉，十三年，夏又大疫，十五年，……大疫，十六年，稔，七月郡城瘟疫大作”。
江南在崇禎十三年（1640年）遭大水，崇禎十四年（1641年）有旱蝗並災，崇禎十五年持續發生旱災和流行大疫。地方社會處在了十分脆弱的狀態，盜匪與流民並起，各地民變不斷爆發。[24]
據史學家不完全統計，明代萬曆和崇禎年間兩次鼠疫大流行中，華北陝、晉、冀3省死亡人數至少在千萬人以上。鼠疫的流行與旱災、蝗災及戰亂的接踵而至，明王朝抵不住清兵南下，也就在情理之中。令人驚奇的是，蔓延多年的鼠疫在清順治元年（1644年）後就消散得無影無蹤，華北各地風調雨順，社會經濟開始複蘇。[25]
內憂外患
參見：明末農民戰爭
為剿流寇，崇禎帝先用楊鶴主撫，後用洪承疇，再用曹文詔，再用陳奇瑜，複用洪承疇，再用盧象升，再用楊嗣昌，再用熊文燦，又用楊嗣昌，十三年中頻繁更換圍闖軍的將領。這其中除熊文燦外，其他都表現出了出色的才幹。然用人存疑，以至責無成效皆功虧一簣。李自成數次大難不死，後往河南聚眾發展。[26] 本章尚未完結,請點擊下一頁繼續閱讀---->>>